SSIとは
Webページ(HTMLファイルなど)にアクセスしたとき、動的にページの内容を変更して送信する技術のこと。
これを利用してWebページのアクセスカウンタなどを実装している場合が多いです。
またSSIを利用しているHTMLファイルの拡張子は「shtml」にする決まりもあります。

設定
まずSSIモジュールを読み込ませます。
# sudo a2enmod include
続いて細かい設定を行います。

■ インデックスの追加
「index.shtml」でもURL上で省略してトップページとして表示できるようにします。
ここは自分の優先順位の高いものにあわせて下さい。
# sudo vim /etc/apache2/mods-enabled/dir.conf
###指定内容を変更
DirectoryIndex index.html index.cgi index.pl index.php index.xhtml index.htm

DirectoryIndex index.html index.htm index.shtml index.cgi index.php

■ 拡張子の関連付け
拡張子「cgi」のファイルをCGIとて処理できるように関連づけを行います。
# sudo vim /etc/apache2/mods-enabled/mime.conf
###コメントアウト削除
#AddHandler cgi-script .cgi

AddHandler cgi-script .cgi

■ SSI・CGIの許可
SSIおよびCGIを許可します。
(これはCGIのアクセスカウンタをSSIで呼び出すことを想定しているため。)
# sudo vim /etc/apache2/sites-available/default
# 12行目付近
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
      ↓
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews +ExecCGI +Includes
以上で設定は完了です。設定を再読込させます。
# sudo /etc/init.d/apache2 reload